拟杆菌科（学名：Bacteroidaceae）为拟杆菌目的一科细菌，模式属为拟杆菌属(Bacteroides)。本科细菌革兰氏染色阴性，无芽孢，化能有机营养的专性厌氧杆菌，细胞可呈直杆状、弧状、螺旋状或多形态，但不分枝；运动或不运动；可代谢碳水化合物、蛋白胨或代谢中间产物，产生可检测的有机酸。
历史
拟杆菌科由E．普里布拉姆于1933年建立，其后虽有修正，但基本表现特征未曾更改。现在所用的定义是L．V．霍尔德曼等人于1984年提出的。
第一群
以有机化合物为最终电子受体的细菌，包括拟杆菌属和梭杆菌属。在《伯杰氏系统细菌学手册》第一卷（1984）中，还包括纤毛菌属、丁酸弧菌属等11个属。这些属是以细胞形态、鞭毛、可代谢的底物和产物的种类来区分的。拟杆菌属和梭杆菌属中的有些种是人类致病菌，造成深层器官（脑、肺、肝等）脓肿。其余各属、种细菌多是动物消化道栖居菌，有许多是瘤胃细菌。
第二群
是以元素硫或氧化性无机化合物含硫化合物为最终电子受体的细菌，有脱硫单胞菌、脱硫弧菌属等8属。这群细菌都是具有细胞色素，可依据其含硫电子受体的种类、细胞形态、代谢底物等来区分。它们多栖息于水域淤泥中，少数可见于动物消化道中。
第三群
是以质子为最终电子受体的细菌。还不能单独培养，必须与利用氢的产甲烷细菌或硫酸盐还原菌共同培养。1967年，M．P．布赖恩特发现这类细菌，1980年和1981年发表两个新属、新种：共养杆菌属、沃氏共养杆菌和共养单胞菌属、沃氏共养单胞菌。前者只降解丙酸，后者即可降解C4～C8的多种脂肪酸，又可降解丙酸。
属
Acetofilamentum Dietrich et al. 1989
醋热菌属 Dietrich et al. 1988
拟杆菌属 Bacteroides Castellani and Chalmers 1919
Capsularis Prévot 1938
Phocaeicola Al Masalma et al. 2009