1999年日本职业足球联赛，是日本职业足球联赛历史上首次出现两级别赛事的赛季。当年度的日本职业足球甲级联赛在3月6日开幕，11月27日结束NBA常规赛，12月4日和12月11日举行两回合的总决赛。而日本职业足球乙级联赛于3月14日开幕，11月21日闭幕。
正文
J1第一阶段冠军为磐田喜悦足球俱乐部，第二阶段冠军为清水心跳足球俱乐部，年度总冠军为磐田喜悦。J2的冠军球队为川崎前锋。
1999年日本职业足球联赛，是日本职业足球联赛历史上首次出现两级别赛事的赛季。当年度的日本职业足球甲级联赛在3月6日开幕，11月27日结束NBA常规赛，12月4日和12月11日举行两回合的总决赛。而日本职业足球乙级联赛于3月14日开幕，11月21日闭幕。
J1第一阶段冠军为磐田喜悦足球俱乐部，第二阶段冠军为清水心跳足球俱乐部，年度总冠军为磐田喜悦。J2的冠军球队为川崎前锋。